WES

Phân tích bộ gen – WGS, WES, G4500/CES

Giải mã toàn bộ gen hoặc vùng gen lớn có ý nghĩa quan trọng để sàng lọc gen bệnh trên diện rộng:

• Giải trình tự toàn bộ gen (WGS): Phân tích toàn bộ 3 tỷ nucleotit trên bộ gen người, bao gồm vùng mã hóa (khoảng 22.000 gen) và vùng không mã hóa protein.
• Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (WES): Khảo sát toàn bộ vùng gen mã hóa protein ở người (22.000 gen). Dù chỉ chiếm 1% kích thước bộ gen, nhưng đây là nơi xảy ra đến 85% đột biến gây bệnh.
• Giải trình tự vùng gen gây bệnh (G4500/CES): Phát hiện đột biến trên 4.503 gen gây bệnh ở người, liên quan đến khoảng 6.000 bệnh đơn gen.

WES

Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (Whole exome sequencing, WES): Chỉ phân tích vùng mã hóa protein (exon) của khoảng 22.000 gen. Mặc dù chỉ chiếm 1% kích thước của toàn bộ bộ gen, nhưng 85% các đột biến gây bệnh lại xảy trên vùng mã hóa này. Vì vậy, so với WGS, WES là phương pháp tiết kiệm chi phí và hiệu quả hơn.

Đối tượng thực hiện

Thai/bệnh nhi/ bệnh nhân có triệu chứng lâm sàng không đặc hiệu, rõ ràng, đặc biệt là cho những nhóm bệnh sau:

• Biểu hiện lâm sàng đa tổn thương cơ quan, đa dị tật, phức tạp, dị hình
• Biểu hiện lâm sàng không điển hình
• Triệu chứng lâm sàng đặc thù bệnh nhưng kết quả phân tích đơn gen hay nhóm gen ra âm tính
• Người có nhu cầu làm xét nghiệm sàng lọc bệnh di truyền tiền hôn nhân, sàng lọc sơ sinh khi tiền sử gia đình có bệnh lý di truyền.

Bằng chứng khoa học cho việc áp dụng WGS, WES, CES trong chẩn đoán bệnh và chăm sóc sức khoẻ

Bệnh lý	N	Tỉ lệ chẩn đoán	Nghiên cứu
Rối loạn phát triển trầm trọng bất thường bẩm sinh ở trẻ em	1133	40%	Wright et. al. 2018
Trẻ em với bệnh lý thần kinh cơ	56	75 (gene panel) – 79% (WES)	Schofield et. al. 2017
Trẻ em với rối loạn thần kinh phức tạp nghi ngờ do gen	150	29.3% vs 7.3% thực hiện chẩn đoán lâm sàng	Vissers et. al. 2017
Trẻ em nghi ngờ rối loạn đơn gen	80	5 7.5% vs 13.75% thực hiện chẩn đoán lâm sàng	Stark et al. 2016
Bệnh nhi/bệnh nhân có biểu hiện lâm sàng phức tạp đa tổn thương.	145	54% (WES hoặc trio WES)	Dillion et. al. 2018

Độ nhạy và độ đặc hiệu

Độ nhạy và độ đặc hiệu được xác định dựa trên chứng dương Oncospan (Horizon Discovery, Anh). Đây là chứng dương chứa các đột biến đã biết nhiều nhất hiện nay trên thế giới, số lượng đột biến có tần suất lên đến 25% và phân bố trên 143 gen khác nhau.

Độ nhạy đạt được là 99.5% (248 đột biến được phát hiện trên tổng số 249 đột biến) và độ đặc hiệu là 99.9%.